St Helenabaai se geskiedenis strek so ver terug as 4 November 1497 toe Vasco da Gama naby Stompneusbaai geland het en die baai "Bahai da Santa Elena" genoem het. Op 14 November het Da Gama sy Kruis hier geplant.

​

St Helenabaai was 'n wyk van die NG kerk op Vredenburg en daar is na hulle verwys as die agterbaaiers. Op 27 Augustus 1990 word St Helenabaai 'n wyksgemeente. Daar  was aanvanklik in die skoolsaal van die laerskool H P Williams dienste gehou en op 1 Maart1997 word begin met die voorbereiding van die erf waar die kerk gebou gaan word en op 19 April 1998 word die kerkgebou ingewy. Die kerksaal is op 22 April 2002 voltooi en op 13 Mei 2003 ingewy met 'n basaar. Die wykgemeente stig af van die moedergemeente op Vredenburg op 23 Oktober 2005.